La pêche joue un rôle important sur le bassin versant de la Charente : on dénombre 21 associations qui s'occupent de la gestion piscicole du cours d'eau, dont quatre en Charente-Maritime [7].
Sur la zone étudiée, l'AAPPMA (Association Agrée de Pêche et de Protection des Milieux Aquatiques) de la Mouche de St-Savinien gère l'alevinage en carnassiers et les réserves amont et aval du barrage de St Savinien sur 150 m. La préservation de la qualité de l'eau et des écosystèmes aquatiques présente donc un intérêt majeur pour ce secteur.
La qualité du milieu
Dans un cours d'eau, le sommet de la pyramide vivante est occupé par les poissons, qui dépendent du bon fonctionnement des étages inférieurs. Les contextes piscicole sont donc des indicateurs de l'état global d'un cours d'eau. Ils sont établis pour une espèce indicatrice caractéristique du peuplement (exemples : brochet ou ombre). Les poissons migrateurs ne sont pas pris en compte.
Le contexte piscicole de la Charente est dit « perturbé ».

Figure 5 : qualité des eaux et contextes piscicoles de la Charente avale (D'après EPTB-Charente – Hydroconcept 2003, source CSP DR4 – Agence de l'eau Adour Garonne) [7]
Sur le tronçon étudié, la Charente a été classée en seconde catégorie piscicole. Ce classement est établi en tenant compte de la qualité de l'eau (ici passable), de la fréquence des assecs (plutôt faible sur le tronçon), de l'occupation du sol (grandes cultures), de la surface irriguée (importante), du nombre d'ouvrages hydrauliques sur le tronçon (absents sur l'estuaire), de la présence et du nombre de frayères de migrateurs (élevé), et de la densité de population des anguilles (assez élevée) [7].
La salinité et la température conditionnent la concentration en oxygène dissous du cours d'eau, dont les besoins sont variables selon les espèces, mais de façon générale beaucoup plus importants pour les Salmonidés. La concentration en oxygène létale est de l'ordre de 5 mg/l. La teneur en oxygène dissous est le principal facteur limitant de la vie aquatique et des migrations. Or nous avons vu que cette concentration peut être très faible en période estivale dans le bouchon vaseux et ainsi constituer une barrière.
La Charente représente un axe de colonisation largement emprunté par les grands migrateurs, bien que leur migration soit souvent gênée par les nombreux barrages, souvent infranchissables, construits sur le cours d'eau. La zone estuarienne, et plus précisément le bouchon vaseux, constituent également des passages critiques.
L'Anguille est largement présente, ainsi que les Aloses, qui constituent le stock le plus important en effectif. Viennent ensuite les Lamproies marines et les Salmonidés sur lesquels les informations disponibles restent insuffisantes pour en estimer les stocks [7]. On recense six grands migrateurs, dont les limites de colonisation se situent toutes largement à l'amont de l'estuaire. Celui-ci ne doit donc pas constituer un obstacle.
Tableau 1 : espèces migratrices et limites de colonisation [7]
Poissons |
Limite de colonisation |
|
Alose |
Alosa alosa |
Ruffec |
Anguille |
Anguilla anguilla |
barrage de Lavaud |
Lamproie marine |
Petromyzon marinus |
Voulême |
Saumon atlantique |
Salmo salar |
Léray |
Truite de mer |
Salmo trutta |
Saintes |
Mulet |
Liza ramada |
barrage de Bagnolet |
Globalement on observe que ces populations piscicoles sont en régression sur le bassin versant et notamment en ce qui concerne l'Anguille [7].
Les pics de migration correspondent globalement aux mois de mars à mai, soit une période de débit moyen. Les Salmonidés, bien que plus exigeants en terme de qualité de l'eau, migrent sur des périodes durant lesquelles le déficit en oxygène dissous dans le bouchon vaseux est moins accusé. Leur migration semble moins affectée que celle des mulets. Les poissons de fond, tels que l'anguille, ont une mortalité difficile à déceler.
Compte tenu de sa présence principalement estivale dans l'estuaire, soit dans une période de forte hypoxie, le mulet apparaît comme l'espèce la plus sensible. Ainsi, malgré le caractère robuste de ce poisson (seuil critique en O2 de 1 mg/l, seuil létal de 0,3 mg/l), des mortalités massives sont observées lors de la traversée du bouchon vaseux en étiage [1].

Figure 6 : mulet (source : www.tourismelandes.com)
Outre les espèces migratrices mentionnées ci-dessus, on trouve également dans l'estuaire les espèces non-migratrices suivantes : ablettes, brèmes, brochets, carpes, gardon, ombre, perche et tanche.
Les métaux dont les conséquences semblent les plus graves sont le mercure et le zinc. Les poissons concentrent le mercure d'un facteur de 104 à 106, ce qui les rend impropres à la consommation humaine du fait de son effet toxique. Le zinc altère les branchies des poissons et provoque des retards de ponte.
Dans la Charente, le cadmium est présent dans des concentrations non négligeables comprises entre 0,07 et 0,83 µg/g de poids sec de foie de soles [4].
Les effets d'un étiage
Outre les phénomènes de concentration de polluants et la diminution de l'oxygène dissous, un manque d'eau en cas d'étiage sévère peut avoir un impact très fort sur la survie de la faune piscicole, qui peut se retrouver piégée dans des mares qui s'assèchent sur le bord du cours d'eau. La mortalité directe apparaît aussi dans les frayères où les œufs pondus à cette période s'assèchent ce qui compromet leur éclosion. L'étiage peut donc aussi entraîner le manque de nourriture pour les plus gros poissons et le manque d'habitat en cas de sécheresse des végétaux. Enfin, la taille de certains poissons rend leur progression difficile en certaines sections dont la profondeur est réduite, ce qui, pour certaines espèces migrant pour se reproduire, compromet leur renouvellement [7].